Appendix 3. Presence /Absence coding data matrix. The letters below each character number represent the alleles or allelic arrays for each presumptive locus. The loci correspond to the characters as follows: mACON: 1-9, sACON, 10-16, ADH: 17-22,; AP: 23-30, CAT: 31-41, GCDH: 42-48, GPI: 49-60, GTDH: 61-65, ICDH: 66-71, IDDH: 72-76, LDH-A: 77-91, LDH-B: 92-102, PEP-B: 103-107, PEP-S: 108-113, PEP-D: 114-117, PGDH-1: 118-125, PGDH-2: 126-133, PGM: 134-140, SOD: 141-153, LDH heteropolymer assembly: 154.
Amastridium veliferum 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 1000001000 00???????? 0100000000 0???????00 0000000100 0100000001 0001000000 0000001000 0000000100 0000001001 0001000100 00000????? ???0000001 1000000000 0004
Alsophis antillensis 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 1000001000 0010000000 0010000000 0010000000 0001000000 1000000000 1000100010 0000000000 0001000000 0010000100 0001000010 0000000001 0001000000 0001000000 0003
Alsophis cantherigerus 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 1000000100 0010000000 0100000000 0010000000 0000100000 1000001000 0100000010 0000000000 0001000000 0010000100 0001000010 0000000001 0001010000 0001010000 0003
Alsophis elegans 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 0110000100 0010000000 0010001000 0010000000 0001000000 1000010000 0000100010 0000000000 0001000000 0010000100 0001000010 0000000001 0001000000 0000000110 0003
Alsophis portoricensis 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 1000000100 0010000000 1000000000 0100000000 0000100000 0001000000 1100000010 0000000000 0001000000 0010000100 0001000010 0000000001 0001000000 1000000000 0003
Alsophis rijersmai 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 1000001000 0010000000 0010000000 0000100000 0001000000 0001000001 0000010010 0000000000 0001000000 0010000100 0001000010 0000000001 0001000000 1000000000 0003
Alsophis vudii 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1100000000 1000000100 0010000000 0110000000 0010000000 0000100000 1000010000 0100000010 0000000000 0001000000 0010000100 0001000010 0000000001 0001000000 0001000000 0003
Antillophis parvifrons 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 1000000100 0010000000 1000000000 0100000000 0001000000 1000000000 1000101001 0000000000 0010000000 0000100000 1001000010 0000010001 0001000000 1000000000 0004
Arrhyton callilaemum 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0000010000 1000000100 0010000000 1000000000 0100000000 0001100000 0100000000 1100000000 1000000000 0010000000 0000001010 0001000010 0000010000 0001000000 0001000000 0004
Arrhyton exiguum 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 1000000100 0001100000 0110000000 0000100000 1000000000 1000010000 0100000000 0000100000 0010000000 0010000100 0001000000 0000100100 0011000000 0000100000 0001
Arrhyton funereum 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0000010000 1000000100 0010001000 1000100000 0100000000 1000000000 0100000000 1100000100 0000000000 0010000000 0000001010 0000010010 0000010000 0000001010 0001010000 0002
Arrhyton landoi 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 1000000100 0010000100 1000010000 0110000010 0000000000 1000010010 0010000000 0000010000 0001000000 0000001001 0001000000 0000100100 0011000000 1000000000 0004
Arrhyton polylepis 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0010000000 1000000100 0000001000 0000100000 0000100000 1000000000 1000000000 1100000100 0000000000 0010000000 0000001010 0000010010 0000010000 0000011000 0001000000 0002
Arrhyton taeniatum 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 1000000100 0010000000 1000000000 0000100000 0100000000 1000010000 0?????0000 1000000000 0010000000 0000001001 0001000100 00000????? ???0000001 0001000000 0004
Coniophanes fissidens 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000001 0000000010 0010010000 1001000000 0010000010 0000000000 0001000000 1?????0000 0010000000 0000000001 0010000000 001????001 00000????? ???1000000 0001000000 0001
Conophis lineatus 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 100000???? ?????????? ?????????? ????????01 0000000000 0001001000 0?????0000 0010000000 0000000001 00???????? ???????000 10000????? ???1000000 0001000000 0004
Crisantophis nevermanni 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 000010???? ??10000000 1000000000 0????????? ?????????? 1000000000 1?????0000 0010000000 0000000001 0001000010 000????100 00000????? ???1000000 0001000000 0004
Darlingtonia haetiana 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 1000000100 0010000000 1000000000 0100000000 0001000000 0110010000 1100000000 0100000000 0001000000 0000100010 0000100010 0100010000 0101011000 0001000000 000?
Enulius flavitorques 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0000010001 000000???? ?????????? ?????????? ????????10 0000000000 1000000000 1?????0000 0010000000 0000000001 00???????? ???????010 00000????? ???1000000 0000000001 0004
Farancia abacura 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 1000000100 0010000000 1000000000 0100000000 0000100000 1000000000 1100000001 0000000000 0000000000 0101000100 0000010??? ?????00100 0001000000 0001000000 0003
Geophis hoffmanni 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 1000000001 00???????? ?????????? ????????00 0000000010 1000000001 0?????0000 0010000000 0000000001 0001000010 000????100 00000????? ???1000000 0000000000 0104
Geophis zeledoni 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 1000001000 0000000001 0000000100 0010000000 0000000010 1000000001 0?????0000 0000000100 0000100000 0001000010 000????100 00000????? ???1000000 0000000000 1005
Hypsirhynchus ferox 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 0100000100 0010000000 1000000000 0100000000 1001000000 1000000000 1100000001 0000000000 0010000000 0000100100 0000001000 0000100010 0001000000 0100000000 0001
Ialtris dorsalis 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 1000000100 0010000000 1000000000 0000100000 0000100000 1000000010 0000100010 0000000000 0010000000 0010000100 0001000010 0000000001 0001000000 0001000000 0003
Imantodes _cenchoa 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0000001000 0001000010 0000000001 0100000000 0010000000 0010000000 1100100000 1?????0000 0010000000 0000000010 0001000010 000????000 00100????? ???0001100 0000000000 0014
Imantodes inornatus 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0000000101 0000000001 0000000001 0100000000 0010001001 0000000000 1000000000 1?????0000 0000000010 0000001000 0001000010 000????000 00100????? ???1100001 0001000000 0001
Leptodeira septentrionalis 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000011 0000001010 1001001000 1111010001 0000100010 0000000000 1000000000 1?????0000 0010000000 0000000000 0100110100 0001000001 00100????? ???1000000 0001000000 0105
Manolepis putnami 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 0100000100 0010000000 0000000010 0001000010 0000000000 1000000001 0?????0000 0001000000 0000000010 0010000100 0001000010 0000000000 1000100000 0010000000 0004
Nerodia fasciata 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000001 0000001000 0000000010 1000000000 0000100110 0000000000 0001001000 0?????0001 0000000000 0000000000 0100100100 0001000001 00100????? ???1000100 0000000000 1003
Ninia maculata 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0000100000 1000000000 10???????? 0000000001 0???????00 0000000100 1000000000 1?????0001 0000000000 0000000000 0100100??? ???1000100 00000????? ???0100000 0000001000 0005
Ninia psephota 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0000000010 010000???? ?????????? 0100000000 0???????00 0010000000 1000000000 1?????0001 0000000000 0000000000 0100100000 0101000100 00000????? ???0100000 0001000000 0005
Oxyrhopus petola 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 1000000100 0010000000 0010000000 0100000000 0000001000 0001000001 0?????0001 0000000000 0000010000 0000100000 100????001 00000????? ???1000000 0000000000 0013
Rhadinaea calligaster 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 1000001000 0000001000 0110000000 0???????00 0001000000 0100000001 0001000001 0000000000 0000000000 1100000100 0001000100 0000000100 0001000000 0001000000 0003
Rhadinaea godmani 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0001000000 100000???? ??00001000 0010000000 0???????00 0001000000 0100000001 0?????0001 0000000000 0000000000 1100000100 0001000000 0000100100 0001000000 0001000000 0003
Saphenophis sneiderni 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
1000000000 0000010000 01???????? 0000000000 1100000010 0000000000 ?????10000 0?????0000 0000000001 0100000000 0??????000 100????010 00000????? ???1000000 0000000100 0004
Sibon nebulata 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
0100000000 100000???? ??10000000 0100000000 0010000000 0010000000 1000010000 0?????0000 0001000000 0000000010 0001000000 100????010 00000????? ???0100000 0000000000 1004
Tretanorhinus nigroluteus 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
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Uromacer catesbyi 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
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Uromacer frenatus 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
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Uromacer oxyrhynchus 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
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Urotheca guentheri 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
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Xenodon rabdocephalus 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150
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